Albert J. Kooistra

Albert J. Kooistra

Lektor

ORCID: 0000-0001-5514-6021

Udgivelsesår:
Alle
1 - 50 ud af 53Pr. side: 50
Sortering: Udgivelsesdato
  1. 2024
  2. Udgivet

    Pharmacological Characterization of the Zebrafish (Danio Rerio) Histamine H1 Receptor Reveals the Involvement of the Second Extracellular Loop in the Binding of Histamine

    McNaught-Flores, D. A., Kooistra, Albert J., Chen, Y. C., Arias-Montano, J. A., Panula, P. & Leurs, R., 2024, I: Molecular Pharmacology. 105, 2, s. 84-96

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  3. 2023
  4. Udgivet

    A community Biased Signaling Atlas

    Caroli, J., Mamyrbekov, A., Harpsøe, Kasper, Gardizi, S., Dörries, L., Ghosh, E., Hauser, Alexander Sebastian, Kooistra, Albert J. & Gloriam, David E., 2023, I: Nature Chemical Biology. 19, s. 531–535

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt

  5. Udgivet

    GPCRdb in 2023: state-specific structure models using AlphaFold2 and new ligand resources

    Pándy-Szekeres, Gáspár, Caroli, J., Mamyrbekov, A., Kermani, A. A., Keserű, G. M., Kooistra, Albert J. & Gloriam, David E., 2023, I: Nucleic Acids Research. 51, D1, s. D395–D402

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  6. Udgivet

    Predicting the target landscape of kinase inhibitors using 3D convolutional neural networks

    Kanev, G. K., Zhang, Y., Kooistra, Albert J., Bender, A., Leurs, R., Bailey, D., Würdinger, T., Graaf, C. D., de Esch, I. J. P. & Westerman, B. A., 2023, I: PLOS Computational Biology. 19, 9, 19 s., e1011301.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. 2022
  8. Udgivet

    KiSSim: Predicting Off-Targets from Structural Similarities in the Kinome

    Sydow, D., Aßmann, E., Kooistra, Albert J., Rippmann, F. & Volkamer, A., 2022, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 62, 10, s. 2600–2616

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  9. Udgivet

    The G protein database, GproteinDb

    Pándy-Szekeres, Gáspár, Esguerra, M., Hauser, Alexander Sebastian, Caroli, J., Munk, C., Pilger, S., Keseru, G. M., Kooistra, Albert J. & Gloriam, David E., 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, D1, s. D518-D525

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  10. 2021
  11. Udgivet

    Discovery of Diaryl Ether Substituted Tetrahydrophthalazinones as TbrPDEB1 Inhibitors Following Structure-Based Virtual Screening

    de Heuvel, E., Kooistra, Albert J., Edink, E., van Klaveren, S., Stuijt, J., van der Meer, T., Sadek, P., Mabille, D., Caljon, G., Maes, L., Siderius, M., de Esch, I. J. P., Sterk, G. J. & Leurs, R., 21 jan. 2021, I: Frontiers in Chemistry. 8, 10 s., 608030.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  12. Udgivet

    An online GPCR structure analysis platform

    Kooistra, Albert J., Munk, C., Hauser, Alexander Sebastian & Gloriam, David E., 2021, I: Nature Structural and Molecular Biology. 28, 11, s. 875-878

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  13. Udgivet

    GPCR activation mechanisms across classes and macro/microscales

    Hauser, Alexander Sebastian, Kooistra, Albert J., Munk, C., Heydenreich, F. M., Veprintsev, D. B., Bouvier, M., Babu, M. M. & Gloriam, David E., 2021, I: Nature Structural and Molecular Biology. 28, 11, s. 879-888

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  14. Udgivet

    GPCRdb in 2021: integrating GPCR sequence, structure and function

    Kooistra, Albert J., Mordalski, S., Pándy-Szekeres, Gáspár, Esguerra, M., Mamyrbekov, A., Munk, C., Keserű, G. M. & Gloriam, David E., 2021, I: Nucleic Acids Research. 49, D1, s. D335-D343

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. Udgivet

    KLIFS: an overhaul after the first 5 years of supporting kinase research

    Kanev, G. K., de Graaf, C., Westerman, B. A., de Esch, I. J. P. & Kooistra, Albert J., 2021, I: Nucleic Acids Research. 49, D1, s. D562-D569

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  16. Udgivet

    Structure of the class D GPCR Ste2 dimer coupled to two G proteins

    Velazhahan, V., Ma, N., Pándy-Szekeres, Gáspár, Kooistra, Albert J., Lee, Y., Gloriam, David E., Vaidehi, N. & Tate, C. G., 2021, I: Nature. 589, s. 148-153 +app 24 pp

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  17. Udgivet

    Structure-Based Virtual Screening for Ligands of G Protein-Coupled Receptors: What Can Molecular Docking Do for You?

    Ballante, F., Kooistra, Albert J., Kampen, S., de Graaf, C. & Carlsson, J., 2021, I: Pharmacological Reviews. 73, 4, s. 527-565

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  18. 2020
  19. Udgivet

    Differential GLP-1R Binding and Activation by Peptide and Non-peptide Agonists

    Zhang, X., Belousoff, M. J., Zhao, P., Kooistra, A. J., Truong, T. T., Ang, S. Y., Underwood, C. R., Egebjerg, T., Šenel, P., Stewart, G. D., Liang, Y-L., Glukhova, A., Venugopal, H., Christopoulos, A., Furness, S. G. B., Miller, L. J., Reedtz-Runge, S., Langmead, C. J., Gloriam, D. E., Danev, R. & 2 flere, Sexton, P. M. & Wootten, D., 2020, I: Molecular Cell. 80, 3, s. 485-500

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  20. Udgivet

    Utilizing drug-target-event relationships to unveil safety patterns in pharmacovigilance

    Hauser, Alexander Sebastian, Kooistra, Albert J., Sverrisdóttir, E. & Sessa, Maurizio, 2020, I: Expert Opinion on Drug Safety. 19, s. 961-968

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  21. 2019

  22. Covalent Inhibition of the Histamine H3 Receptor

    Wágner, G., Mocking, T. A. M., Kooistra, Albert J., Slynko, I., Ábrányi-Balogh, P., Keserű, G. M., Wijtmans, M., Vischer, H. F., de Esch, I. J. P. & Leurs, R., 11 dec. 2019, I: Molecules (Print Archive Edition). 24, 19 s., 4541.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen

    AstraZeneca-Sanger Drug Combination DREAM Consortium, A. D. C. D. C., 1 dec. 2019, I: Nature Communications. 10, 1, 17 s., 2674.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  24. The Landscape of Atypical and Eukaryotic Protein Kinases

    Kanev, G. K., de Graaf, C., de Esch, I. J. P., Leurs, R., Würdinger, T., Westerman, B. A. & Kooistra, Albert J., nov. 2019, I: Trends in Pharmacological Sciences. 40, 11, s. 818-832 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  25. Alkynamide phthalazinones as a new class of TbrPDEB1 inhibitors (Part 2)

    de Heuvel, E., Singh, A. K., Boronat, P., Kooistra, Albert J., van der Meer, T., Sadek, P., Blaazer, A. R., Shaner, N. C., Bindels, D. S., Caljon, G., Maes, L., Sterk, G. J., Siderius, M., Oberholzer, M., de Esch, I. J. P., Brown, D. G. & Leurs, R., 15 sep. 2019, I: Bioorganic & Medicinal Chemistry. 27, 18, s. 4013-4029 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  26. Route to Prolonged Residence Time at the Histamine H1 Receptor: Growing from Desloratadine to Rupatadine

    Bosma, R., Wang, Z., Kooistra, Albert J., Bushby, N., Kuhne, S., van den Bor, J., Waring, M. J., de Graaf, C., de Esch, I. J., Vischer, H. F., Sheppard, R. J., Wijtmans, M. & Leurs, R., 25 jul. 2019, I: Journal of Medicinal Chemistry. 62, 14, s. 6630-6644 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  27. Udgivet

    Aminergic GPCR-Ligand Interactions: A Chemical and Structural Map of Receptor Mutation Data

    Vass, M., Podlewska, S., De Esch, I. J. P., Bojarski, A. J., Leurs, R., Kooistra, Albert J. & De Graaf, C., 2019, I: Journal of Medicinal Chemistry. 62, 8, s. 3784-3839 56 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  28. 2018

  29. Development of novel fluorescent histamine H1-receptor antagonists to study ligand-binding kinetics in living cells

    Stoddart, L. A., Vernall, A. J., Bouzo-Lorenzo, M., Bosma, R., Kooistra, Albert J., De Graaf, C., Vischer, H. F., Leurs, R., Briddon, S. J., Kellam, B. & Hill, S. J., 1 dec. 2018, I: Scientific Reports. 8, 1, 1572.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  30. Structural insights into serotonin receptor ligands polypharmacology

    Podlewska, S., Kafel, R., Lacivita, E., Satała, G., Kooistra, Albert J., Vass, M., de Graaf, C., Leopoldo, M., Bojarski, A. J. & Mordalski, S., 10 maj 2018, I: European Journal of Medicinal Chemistry. 151, s. 797-814 18 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  31. Chemical Diversity in the G Protein-Coupled Receptor Superfamily

    Vass, M., Kooistra, Albert J., Yang, D., Stevens, R. C., Wang, M. W. & de Graaf, C., 1 maj 2018, I: Trends in Pharmacological Sciences. 39, 5, s. 494-512 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  32. Synthesis and Characterization of a Bidirectional Photoswitchable Antagonist Toolbox for Real-Time GPCR Photopharmacology

    Hauwert, N. J., Mocking, T. A. M., Da Costa Pereira, D., Kooistra, Albert J., Wijnen, L. M., Vreeker, G. C. M., Verweij, E. W. E., De Boer, A. H., Smit, M. J., De Graaf, C., Vischer, H. F., De Esch, I. J. P., Wijtmans, M. & Leurs, R., 28 mar. 2018, I: Journal of the American Chemical Society. 140, 12, s. 4232-4243 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  33. 3D-e-Chem: Structural Cheminformatics Workflows for Computer-Aided Drug Discovery

    Kooistra, Albert J., Vass, M., McGuire, R., Leurs, R., de Esch, I. J. P., Vriend, G., Verhoeven, S. & de Graaf, C., 20 mar. 2018, I: ChemMedChem. 13, 6, s. 614-626 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  34. Udgivet

    A Structural Framework for GPCR Chemogenomics: What’s In a Residue Number?

    Vass, M., Kooistra, Albert J., Verhoeven, S., Gloriam, David E., de Esch, I. J. P. & de Graaf, C., 1 jan. 2018, Methods in Molecular Biology. Humana Press, s. 73-113 41 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1705).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  35. 2017

  36. Structural Chemogenomics Databases to Navigate Protein-Ligand Interaction Space

    Kanev, G. K., Kooistra, Albert J., de Esch, I. J. P. & de Graaf, C., 3 jun. 2017, The Future of Drug Discovery. Elsevier Science Inc., Bind 1-8. s. 444-471 28 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  37. 3D-e-Chem-VM: Structural Cheminformatics Research Infrastructure in a Freely Available Virtual Machine

    McGuire, R., Verhoeven, S., Vass, M., Vriend, G., De Esch, I. J. P., Lusher, S. J., Leurs, R., Ridder, L., Kooistra, Albert J., Ritschel, T. & De Graaf, C., 27 feb. 2017, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 57, 2, s. 115-121 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  38. Kinase-Centric Computational Drug Development

    Kooistra, Albert J. & Volkamer, A., 1 jan. 2017, Annual Reports in Medicinal Chemistry. Academic Press, s. 263-299 37 s. (Annual Reports in Medicinal Chemistry, Bind 50).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  39. 2016

  40. Identification of Ligand Binding Hot Spots of the Histamine H1 Receptor following Structure-Based Fragment Optimization

    Kuhne, S., Kooistra, Albert J., Bosma, R., Bortolato, A., Wijtmans, M., Vischer, H. F., Mason, J. S., De Graaf, C., De Esch, I. J. P. & Leurs, R., 13 okt. 2016, I: Journal of Medicinal Chemistry. 59, 19, s. 9047-9061 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  41. Molecular interaction fingerprint approaches for GPCR drug discovery

    Vass, M., Kooistra, Albert J., Ritschel, T., Leurs, R., de Esch, I. J. & de Graaf, C., 1 okt. 2016, I: Current Opinion in Pharmacology. 30, s. 59-68 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  42. PDEStrIAn: A Phosphodiesterase Structure and Ligand Interaction Annotated Database As a Tool for Structure-Based Drug Design

    Jansen, C., Kooistra, Albert J., Kanev, G. K., Leurs, R., De Esch, I. J. P. & De Graaf, C., 11 aug. 2016, I: Journal of Medicinal Chemistry. 59, 15, s. 7029-7065 37 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  43. Function-specific virtual screening for GPCR ligands using a combined scoring method

    Kooistra, Albert J., Vischer, H. F., McNaught-Flores, D., Leurs, R., De Esch, I. J. P. & De Graaf, C., 24 jun. 2016, I: Scientific Reports. 6, 28288.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  44. KLIFS: A structural kinase-ligand interaction database

    Kooistra, Albert J., Kanev, G. K., Van Linden, O. P. J., Leurs, R., De Esch, I. J. P. & De Graaf, C., 1 jan. 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, D1, s. D365-D371

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  45. 2015

  46. Structure-based virtual screening for fragment-like ligands of the G protein-coupled histamine H4 receptor

    Istyastono, E. P., Istyastono, E. P., Kooistra, Albert J., Vischer, H. F., Kuijer, M., Roumen, L., Nijmeijer, S., Smits, R. A., De Esch, I. J. P., Leurs, R. & De Graaf, C., 1 jun. 2015, I: MedChemComm. 6, 6, s. 1003-1017 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  47. Combinatorial consensus scoring for ligand-based virtual fragment screening: A comparative case study for serotonin 5-HT3A, histamine H1, and Histamine H4 receptors

    Schultes, S., Kooistra, Albert J., Vischer, H. F., Nijmeijer, S., Haaksma, E. E. J., Leurs, R., De Esch, I. J. P. & De Graaf, C., 26 maj 2015, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 55, 5, s. 1030-1034 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  48. Structure-based prediction of g-protein-coupled receptor ligand function: A β-adrenoceptor case study

    Kooistra, Albert J., Leurs, R., De Esch, I. J. P. & De Graaf, C., 26 maj 2015, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 55, 5, s. 1045-1061 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  49. The viral G protein-coupled receptor ORF74 hijacks β-arrestins for endocytic trafficking in response to human chemokines

    De Munnik, S. M., Kooistra, Albert J., Van Offenbeek, J., Nijmeijer, S., De Graaf, C., Smit, M. J., Leurs, R. & Vischer, H. F., 20 apr. 2015, I: PLOS ONE. 10, 4, e0124486.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  50. Analyzing multitarget activity landscapes using protein-ligand interaction fingerprints: Interaction cliffs

    Méndez-Lucio, O., Kooistra, Albert J., Graaf, C. D., Bender, A. & Medina-Franco, J. L., 23 feb. 2015, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 55, 2, s. 251-262 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  51. 2014

  52. KLIFS: A knowledge-based structural database to navigate kinase-ligand interaction space

    Van Linden, O. P. J., Kooistra, Albert J., Leurs, R., De Esch, I. J. P. & De Graaf, C., 23 jan. 2014, I: Journal of Medicinal Chemistry. 57, 2, s. 249-277 29 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  53. From three-dimensional GPCR structure to rational ligand discovery

    Kooistra, Albert J., Leurs, R., De Esch, I. J. P. & Graaf, C. D., 1 jan. 2014, G Protein-Coupled Receptors - Modeling and Simulation. Springer New York LLC, s. 129-157 29 s. (Advances in Experimental Medicine and Biology, Bind 796).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  54. The Receptor Concept in 3D: From Hypothesis and Metaphor to GPCR–Ligand Structures

    Kooistra, Albert J., de Graaf, C. & Timmerman, H., 1 jan. 2014, I: Neurochemical Research. 39, 10, s. 1850-1861 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  55. 2013

  56. A structural chemogenomics analysis of aminergic GPCRs: Lessons for histamine receptor ligand design

    Kooistra, Albert J., Kuhne, S., De Esch, I. J. P., Leurs, R. & De Graaf, C., 1 sep. 2013, I: British Journal of Pharmacology. 170, 1, s. 101-126 26 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  57. Small and colorful stones make beautiful mosaics: Fragment-based chemogenomics

    De Graaf, C., Vischer, H. F., De Kloe, G. E., Kooistra, Albert J., Nijmeijer, S., Kuijer, M., Verheij, M. H. P., England, P. J., Van Muijlwijk-Koezen, J. E., Leurs, R. & De Esch, I. J. P., 1 apr. 2013, I: Drug Discovery Today. 18, 7-8, s. 323-330 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  58. Discovery of novel Trypanosoma brucei phosphodiesterase B1 inhibitors by virtual screening against the unliganded TbrPDEB1 crystal structure

    Jansen, C., Wang, H., Kooistra, Albert J., De Graaf, C., Orrling, K. M., Tenor, H., Seebeck, T., Bailey, D., De Esch, I. J. P., Ke, H. & Leurs, R., 14 mar. 2013, I: Journal of Medicinal Chemistry. 56, 5, s. 2087-2096 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  59. From heptahelical bundle to hits from the haystack: Structure-based virtual screening for GPCR ligands

    Kooistra, Albert J., Roumen, L., Leurs, R., De Esch, I. J. P. & De Graaf, C., 11 feb. 2013, G Protein Coupled ReceptorsModeling, Activation, Interactions and Virtual Screening. s. 279-336 58 s. (Methods in Enzymology, Bind 522).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  60. Mapping histamine H4 receptor-ligand binding modes

    Schultes, S., Nijmeijer, S., Engelhardt, H., Kooistra, Albert J., Vischer, H. F., De Esch, I. J. P., Haaksma, E. E. J., Leurs, R. & De Graaf, C., 1 jan. 2013, I: MedChemComm. 4, 1, s. 193-204 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  61. 2012

  62. Virtual fragment screening: Discovery of histamine H3 receptor ligands using ligand-based and protein-based molecular fingerprints

    Sirci, F., Istyastono, E. P., Istyastono, E. P., Vischer, H. F., Kooistra, Albert J., Nijmeijer, S., Kuijer, M., Wijtmans, M., Mannhold, R., Leurs, R., De Esch, I. J. P. & De Graaf, C., 21 dec. 2012, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 52, 12, s. 3308-3324 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  63. Identification of novel α7 nicotinic receptor ligands by in silico screening against the crystal structure of a chimeric α7 receptor ligand binding domain

    Akdemir, A., Edink, E., Thompson, A. J., Lummis, S. C. R., Kooistra, Albert J., De Graaf, C. & De Esch, I. J. P., 1 okt. 2012, I: Bioorganic and Medicinal Chemistry. 20, 19, s. 5992-6002 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Forrige 1 2 Næste

ID: 196033213